Les collections d'histoire naturelle du Musée des Tatras débutèrent avec 351 spécimens d'oiseaux et 54 mammifères, achetés à Antoni Kocjan, forestier et taxidermiste, ainsi qu'avec un herbier de mousses et de plantes vasculaires et une série de roches des Tatras, don de Tytus Chałubiński. La précieuse bibliothèque de travaux en bryologie (étude des mousses) polonais et étrangers, offerte par les héritiers de Chałubiński, compléta l'herbier de mousses. Dès 1888, le nombre de spécimens zoologiques, botaniques et géologiques augmenta progressivement : actuellement, la collection en compte près de soixante-dix mille. Depuis des années, la collection sert de support aux recherches scientifiques dans différents domaines. L'une des plus précieuses collections du département est celle des mousses de Tytus Chałubiński. Neuf albums contenant neuf cents espèces de plantes vasculaires, offerts par la Commission Physiographique de l'Académie des Arts et des Lettres au début de l'existence du Musée, ont une valeur historique. Ces spécimens furent rassemblés (aussi dans les Tatras) par le zoologue Władysław Kulczyński durant les années 1869-1887. La collection de lichens du lichénologue Józef Motyka est très précieuse. Dans les collections du Musée, on trouve aussi les herbiers recueillis par des naturalistes étroitement liés avec le Musée, Konstanty Stecki, Irena Domaniewska et Zofia Radwańska-Paryska, et les herbiers contemporains des botanistes Halina et Zbigniew Mirek, Urszula Bielczyk, Anna Ronikier et Adam Flakus. Les collections zoologiques proviennent des Tatras, de Skalne Podhale [Podhale Rocheux], de Kotlina Orawsko-Nowotarska [Vallée Orawa-Nowy Targ] et des montagnes Pieniny. Les plus précieuses d'entre elles sont la collection ornithologique d'Antoni Kocjan, datant du 19e siècle, celle des papillons des Tatras et de Podtatrze [région située au pied des Tatras] de Stanisław Batkowski et celle de libellules des Tatras recueillie par Józef Fudakowski. On y trouve aussi sept mille os d'ours des cavernes, provenant principalement de la Grotte de Magura dans les Tatras. La collection géologique, d'une grande valeur scientifique, comprend près de deux mille huit cents spécimens de roches, minéraux et fossiles de la région des Tatras et de Podtatrze. La majeure partie de ceux-ci est en exposition permanente. Cette collection sert de documentation pour les recherches de géologues éminents, comme Józef Morozewicz, Władysław Pawlica, Mieczysław Limanowski, Zbigniew Wójcik, Jerzy Lefeld et Andrzej Gaździcki. La collection de fossiles marins, parmi lesquels des ammonites, des oursins, des coquillages et des escargots, recueillie par Edward Passendorfer, se distingue par sa beauté. L'exposition permanente d'histoire naturelle, modernisée en 2007, illustre l'état actuel du savoir sur la structure géologique et la nature "vivante" des Tatras.
Le département ethnographique, le plus ancien département du Musée des Tatras avec celui d’histoire naturelle, comprend plus de dix mille sept cent cinquante objets. Les premiers cinquante-deux objets, offerts par le comte Stanisław Drohojowski, propriétaire du domaine de Czorsztyn, trouvèrent leur place au Musée en 1889. Parmi ceux-ci se trouve une collection, inestimable aujourd'hui, de costumes de femme des alentours de Czorsztyn. Au fil des années, le Musée acquit progressivement les objets collectionnés par des enthousiastes de la culture du Podhale : la comtesse Róża Krasińska, Maria et Bronisław Dembowski et Zygmunt Gnatowski. Ces premiers collectionneurs, et plus tard aussi d'autres, membres de la Section de l'Etude des Peuples de l'Association des Tatras, acquéraient le plus souvent des objets rares et de qualité artistique. Ils achetaient volontiers des ustensiles ménagers et pastoraux décorés de bois sculpté, des peintures sur verre, des éléments de costumes traditionnels et de la céramique. Ils parcouraient le terrain à la charnière des 19e et 20e siècles et acquéraient des objets définis alors comme "très anciens". Les collections de la comtesse Róża Krasińska (1896), de Zygmunt Gnatowski (1906), des Dembowski (1922) et d'autres collectionneurs parvinrent successivement au Musée. Durant les années 1912-1914, les membres de la Section de l'Etude des Peuples de l'Association des Tatras enrichirent les collections ethnographiques du Musée par de nombreuses acquisitions précieuses. En 1913, Bronisław Piłsudski offrit au Musée cinquante-quatre objets, Józef Lesiecki en léga cent-quatre-vingts, Franciszek Prauss cent un. En 1920, le Musée acheta à Konstanty Stecki les collections d'artisanat artistique et de peintures sur verre. C'est grâce à ces collections que le Musée possède aujourd'hui des objets de grande valeur, inestimables pour les ethnologues et les chercheurs de l'art populaire du Podhale. Après la nationalisation du Musée en 1949, des ethnographes professionnels furent engagés et les achats systématiques commencèrent pour compléter les collections. Au cours de l'après-guerre, on mit l'accent sur l'acquisition de peintures sur verre contemporaines, de sculpture populaire, d'artisanat, principalement en métal et en cuir, et de costumes contemporains du Podhale. En outre, on acheta des ustensiles d'agriculture, de transport et de ménage. Ces objets, souvent sans valeur artistique, sont indispensables pour illustrer l'exhaustivité de la culture matérielle des montagnards. Les visiteurs du Musée n'ont accès qu'à une partie de collections ethnographiques, exposée en permanence dans l'édifice principal du Musée et présentant la culture populaire de la seconde moitié du 19e siècle jusqu'à aujourd'hui. Les antennes du Musée aux environs de Zakopane, à Łopuszna, Chochołów, Jurgów et Czarna Góra, présentent des expositions ethnographiques à l'intérieur de masures et de dépendances de la seconde moitié du 19e siècle et du début du 20e siècle. Les objets des réserves du Musée sont souvent exposés en Pologne et à l'étranger. De nombreux travaux scientifiques s'appuient sur les collections muséales. Certaines des collections furent l’objet de recherches dans la période de l'entre-deux-guerres. Adolf Chybiński, musicologue connu, écrivit un travail scientifique sur les instruments musicaux du Podhale ; Włodzimierz Antoniewicz, archéologue éminent, étudia la collection d'épingles en métal ; grâce à la collection muséale de costumes, l'ethnographe Edyta Starek put, après la Seconde Guerre mondiale, faire une étude pour deux cahiers de Atlas polskich strojów ludowych [l'Atlas des costumes populaires polonais]: Strój orawski [le Costume d'Orawa] et Strój spiski [le Costume de Spisz]. Aujourd'hui, on continue à mettre les collections ethnographiques à la disposition de chercheurs polonais et étrangers. Depuis des années, on mène des études sur le costume du Podhale : notamment l'étude pionnière de Stanisława Trebunia-Staszel "Śladami podhalańskiej mody. Studium z zakresu historii stroju górali polskich" [En suivant les traces de la mode du Podhale. Etude sur l'histoire du costume des montagnards polonais]. En 1997, une grande exposition présenta la collection complète de peintures sur verre à la Galerie de Koziniec. A cette occasion fut édité le catalogue Obrazy na szkle XVIII-XIX w. w zbiorach Muzeum Tatrzańskiego im. Dra Tytusa Chałubińskiego [Peintures sur verre des 18e et 19e siècles dans les collections du Musée des Tatras]. En 2004, une grande partie des collections de peintures sur verre anciennes et contemporaines furent présentées à l'exposition "Tatras, une légende dorée polonaise. Collection du Musée de Zakopane" dans le cadre de la saison polonaise "Nova Polska 2004" au Musée d'Aquitaine à Bordeaux. Les objets du département ethnographique sont une source d'inspiration pour les artistes et artisans polonais et servent de modèle aux scénographes et costumiers de films de fiction et de documentaires ayant les Tatras pour fond.
Le département d'art, avec plus de quatre mille six cents objets, renferme plusieurs collections intéressantes. L'artisanat artistique est exposé dans la villa "Koliba", les œuvres de Władysław Hasior le sont dans la Galerie portant son nom. Les autres collections sont montrées au cours d'expositions temporaires à la Galerie d'Art de Koziniec. La plus large collection comprend des tableaux, estampes et dessins sur le thème des Tatras, qui apparut dans l'art polonais dès la première moitié du 19e siècle. A cette époque, la mode était aux paysages à l'atmosphère menaçante et secrète des montagnes. En 1837, Jan Nepomucen Głowacki peignit [le Lac] Morskie Oko, le premier paysage des Tatras dans la peinture polonaise, qui ouvrit l'histoire du paysage des Tatras. La copie à l'aquarelle de Morskie Oko, faite par Jan Kanty Wojnarowski aux alentours de 1860, se trouve dans les collections du Musée des Tatras, ainsi que de nombreuses aquarelles et estampes de Walery Eliasz, artiste cracovien connu et activiste de l'Association des Tatras. Parmi les plus anciens paysages des Tatras, il y a aussi deux tableaux d'Alfred Schouppé: [le Mont] Łomnica et Dolina Strążyska [la Vallée de Strążysko]. On trouve aussi dans les collections du Musée des tableaux d'artistes plus récents, Leon Wyczółkowski et Aleksander Mroczkowski, et ceux d'artistes moins connus comme Stefan Filipkiewicz, Maks Haneman, Wanda Gentil Tippenhauer, Rafał Malczewski et Alfred Terlecki. Avec trente tableaux, Stanisław Gałek (1876-1961), peintre originaire de Zakopane, élève de Jan Stanisławski, est le plus représenté dans les collections du Musée. Une autre collection importante rassemble des portraits en techniques diverses représentant des personnages connus de Zakopane : artistes, politiciens, sportifs et aussi des montagnards. Parmi ceux-ci se trouvent les portraits de Tytus Chałubiński, patron du Musée, de Stanisław Witkiewicz (peint par Jacek Malczewski), de Jan Krzeptowski Sabała, conteur et musicien montagnard, de guides de montagne tel Wojciech Roj, peint par Stanisław Witkiewicz, et des pastels faits par Stanisław Ignacy Witkiewicz (Witkacy) dans sa célèbre "Entreprise Portraitiste". Le Musée comprend aussi une collection de cinquante caricatures de Kazimierz Sichulski, l'un des plus célèbres caricaturistes polonais de son temps. Cet artiste, habitué de Zakopane, bien que le but de ses visites ne fût pas de peindre des paysages et des montagnards, créa sa plus célèbre collection pendant la Première Guerre mondiale. Les premiers faits de guerre amenèrent de nombreux réfugiés à Zakopane, parmi lesquels des personnages éminents. Un cercle d'acteurs, politiciens, écrivains, peintres et musiciens connus se réunissait dans le fameux restaurant de Karpowicz, dans la rue Krupówki. Sichulski, muni seulement de son talent, y payait ses additions en caricatures. C'est de cette façon que cette exceptionnelle collection de caricatures naquit. Le département d'art abrite aussi une collection de sculptures d'artistes de Zakopane, depuis Wojciech Brzega jusqu'aux sculpteurs contemporains comme Antoni Rząsa et Grzegorz Pecuch. Wojciech Brzega et Stanisław Gąsienica Sobczak "Johym", artistes issus de familles montagnardes, sortirent de l'Ecole de l'Industrie du bois de Zakopane et poursuivirent leur formation : Brzega, à Lwów, Cracovie, Munich et Paris ; Sobczak à l'Académie des Beaux-Arts de Cracovie et aussi à Paris. Pendant de longues années, Wojciech Brzega, artiste universel, collabora avec Stanisław Witkiewicz à la création du style de Zakopane. Sobczak fut aussi céramiste. Les sculptures réalistes de Brzega et de Sobczak, réalisées en matériaux nobles, sont des représentations sans pareil de montagnards typiques de la région. L'art contemporain est représenté au Musée par la collection d'œuvres de Władysław Hasior et celle de tableaux et estampes de Marek Żuławski, toutes deux offertes au Musée, comme le fut la collection de tapis orientaux, donnée en 1977 par Anna Piotrowicz Kulczycka. Au département d'art, une place spéciale est réservée aux objets liés à l'histoire de l'alpinisme et du ski dans les Tatras et à celle du Service de Secours en Montagne des Tatras. Depuis des années, le Musée rassemble l'équipement sportif, les badges de clubs, les décorations, les médailles et les souvenirs de sportifs éminents. Ces objets sont présentés au cours d'expositions temporaires. Ils trouveront peut-être un jour une place à l'exposition permanente du département du tourisme, sauvetage et sport, exposition qui était déjà projetée dans la période de l'entre-deux guerres.
La bibliothèque est un département auxiliaire du Musée dont l'origine correspond au début de l'activité de l'Association du Musée des Tatras. Dans les premiers statuts de 1888, on mentionne "livres, dessins, plans, cartes des Tatras et du Podhale" comme objets d'intérêt du Musée. La même année, la bibliothèque reçut un don de quelques dizaines de volumes bryologiques rares de la collection de Tytus Chałubiński. De même, le don de Zygmunt Gnatowski, constitué de livres ayant les Tatras pour sujet et de coupures de presse, est un acquis précieux. Cependant, ce sont les livres offerts au Musée par son premier directeur Juliusz Zborowski qui constituent le tronc de la collection. Zborowski, grand bibliophile, fut, sans aucun doute, le vrai créateur de la bibliothèque. C'est lui qui en définit le profil et en augmenta la taille d'une manière conséquente tout au long de l'exercice de ses fonctions. Ses larges relations sociales et scientifiques lui facilitaient la tâche. Non seulement, les savants offraient leurs travaux à la bibliothèque, mais ils recherchaient aussi des œuvres chez les bouquinistes pour élargir la collection de Juliusz Zborowski. Dans la période de l'entre-deux-guerres, le directeur du Musée rassembla, par voie d'achats, de dons et d'échanges, une assez grande bibliothèque qui incluait les plus anciens volumes sur les Tatras et les magazines publiés dans les régions de Podhale, Spisz et Orawa. De nombreux volumes portent les dédicaces précieuses et les reliures artistiques faites par Kazimierz Brzozowski. La bibliothèque du Musée rassemble les imprimés, les matériaux iconographiques et la documentation conformément aux tâches du Musée et aux nécessités du travail scientifique, documentaire, éditorial et éducatif de l'établissement. La collection de livres comprend la littérature consacrée aux Tatras, aux régions de Podhale, Spisz, Orawa, à l'ethnographie de la Pologne, à la muséologie ainsi que des œuvres d'intérêt général. La bibliothèque comprend une collection de livres (plus de vingt-sept mille volumes) et de magazines (plus de deux mille), et des collections spéciales : cartes, disques et partitions musicales, archives photographiques (positifs, négatifs et diapositives), imprimés (matériaux iconographiques imprimés), documentation technique, documents de la vie sociale, coupures de presse. De larges archives photographiques, comprenant quelques milliers de positifs et de négatifs, constitue une riche source iconographique de l'histoire de Zakopane, Podhale, Spisz et Orawa ainsi que de l'histoire de la photographie des Tatras. Dans les années cinquante du 20e siècle, Jan Sunderland, grand photographe, écrivit un ouvrage pionnier sur l'histoire de la photographie des Tatras en s'appuyant sur les archives du Musée. Aux archives se trouve la précieuse photographie de Miletius Dutkiewicz de 1860 qui présente le plus ancien panorama de Zakopane Nawsie, ainsi que les photos de Tatras prises par les photographes cracoviens connus, Walery Rzewuski, Awit Szubert et Stanisław Bizański. Juliusz Zborowski non seulement rassemblait et complétait les collections, mais aussi s'intéressait à la photographie artistique contemporaine. En 1926 et en 1939, il organisa au Musée l'exposition de la photographie artistique des Tatras et du Podhale à laquelle participèrent de grands photographes polonais, souvent membres du Photoclub Polonais élitiste: Tadeusz Cyprian, Edward Czerny, Stefan Maksymowicz-Raczyński, Jan Sunderland, ainsi que Antoni Marian Wieczorek et Henryk Schabenbeck, photographes de Zakopane. Pendant de longues années, les collections muséales furent enrichies par les dons de Stanisław Barabasz, Witold Henryk Paryski, Jan Reychman, Tadeusz et Stefan Zwoliński. Dans les années soixante, le Musée acheta les positifs et les négatifs de Teofil Studnicki et Zygmunt Sułkowski, propriétaires d'ateliers photographiques populaires à Zakopane. L'une des acquisitions les plus précieuses des archives est l'ensemble de clichés-verre de Stanisław Ignacy Witkiewicz. Dans les années quatre-vingts, le Musée acheta les archives de clichés-verre de Tadeusz et Stefan Zwoliński; plus tard le Musée s'enrichit des grandes archives des photographes distingués Władysław Werner et Zbigniew Kamykowski, qui avaient coopéré avec le Musée pendant de longues années. Dès 1998, la bibliothèque du Musée des Tatras est répertoriée dans le registre des Ressources nationales bibliothécaires. Les collections de la bibliothèque s'agrandissent régulièrement par voie d'achats, de dons et d'échanges avec d'autres établissements. La bibliothèque s'occupe aussi de la préparation et de la rédaction des éditions du Musée, entre autres des "Annales du Podhale".
La collection d'archives du Musée des Tatras débuta dès la fondation du Musée. Au début, ce furent des documents de l'Association du Musée des Tatras et ceux du Musée. A partir de 1922, quand Juliusz Zborowski commença à travailler au Musée, il se mit à rassembler d'une manière systématique des documents ethnographiques, linguistiques et historiques concernant les Tatras, le Podhale, le Spisz et l'Orava. A présent, les archives contiennent plus de trois mille cinq cents pièces, du 17e au 20e siècle. Parmi celles-ci, il faut particulièrement mentionner des documents sur parchemin: les privilèges royaux des années 1628-1766 octroyés aux maires Dzielski, Nowobilski et Chochołowski et l'acte de noblesse (1674) accordé par l'empereur Léopold 1er à la famille Moniak de Zubrzyca Górna. Dans les archives, une place importante est occupée par des documents des organisations qui fonctionnaient à Zakopane à partir de la seconde moitié du 19e siècle, comme l'Association Polonaise des Tatras (1873-1930) et sa Section de l'Etude des Peuples (1913-1918), le Comité de la Construction du monument dédié à Tytus Chałubiński (1900-1904), l'Association de l'Ecole Populaire (1909-1932), l'Ecole de l'industrie du bois (1881-1946), l'Association pour la Protection des Monuments de la région de Podhale PTTK (1951-1980). On y trouve aussi des documents relatifs à l'histoire de la presse de Zakopane, entre autre de Przegląd Zakopiański [Revue de Zakopane] (1899-1906), de Zakopane (1908-1914), d'Echo Tatrzańskie [Echo des Tatras] (1918-1919), de Gazeta Podhalańska [la Gazette du Podhale] (1913-1934), de Gazeta Zakopiańska [la Gazette de Zakopane] (1893) et de Zakopiańska Sp. Wydawnicza [Société d'Édition de Zakopane] (1913-1914). Une catégorie particulière regroupe les archives des familles liées par leurs activités avec Zakopane, le Spisz et l'Orava : les Homolacs de Zakopane (1813-1909), les Machay (1930-1962), les Moniak de Zubrzyca Górna (17e et 18e siècles), les Uznański de Szaflary (1827-1939), les Wilczek et les Divéky de Podwilk (du 17e au 20e siècle), les Witkiewicz (19e et 20e siècles). Le Podhale, et Zakopane surtout, furent pendant de longues années le terrain d'activité de nombreuses personnes, souvent éminentes, dont les champs d'activités étaient la culture, la politique et l'économie et qui contribuèrent d'une façon très importante au développement de la ville et de la région. Les archives du Musée des Tatras conservent de nombreux legs : Stanisław Barabasz (1857-1941), Wojciech Brzega (1872-1941), Jan Bednarski (1866-1926), Maria et Bronisław Dembowski (1888-1912), Józef Diehl (1882-1955), Bronisława et Kazimierz Dłuski (1900-1922), Stanisław Eljasz-Radzikowski (1869-1935), Aniela Gut-Stapińska (1898-1954), Matylda Jostowa (1882-1977), Kornel Makuszyński (1884-1953), Olga Małkowska (1888-1979), Franciszek Henryk Nowicki (1864-1935), Jan Pluciński (1897-1982), Helena Roj-Kozłowska (1900-1955), Kazimierz Saysse-Tobiczyk (1891-1980), Mariusz Zaruski (1867-1941) et Juliusz Zborowski (1913-1965), les dates entre parenthèses indiquant la période que recouvrent les archives disponibles.