Bogate kolekcje Muzeum Tatrzańskiego, założonego przez Towarzystwo Muzeum Tatrzańskiego w roku 1889, to dzieła sztuki, okazy przyrodnicze, etnograficzne, materiały archiwalne i biblioteczne. Część kolekcji eksponowana jest na wystawach stałych w gmachu głównym i filiach oraz na wystawach czasowych. Materiały archiwalne i biblioteczne dostępne są w Archiwum i Bibliotece Muzeum Tatrzańskiego.

Zaczątek zbiorów Muzeum Tatrzańskiego stanowiły zbiory przyrodnicze - 351 okazów ptaków i 54 okazy ssaków, zakupione od leśniczego i preparatora, Antoniego Kocjana, a także zielnik mchów i roślin naczyniowych oraz kolekcja skał tatrzańskich - dar Tytusa Chałubińskiego. Uzupełnieniem zielnika mchów był cenny księgozbiór dzieł krajowych i obcojęzycznych z dziedziny briologii (nauki o mchach), ofiarowany Muzeum przez spadkobierców Chałubińskiego. Od 1888 roku ilość okazów zoologicznych, botanicznych i geologicznych sukcesywnie się powiększała, obecnie liczy blisko 70 tysięcy. Zbiory te od lat służą pracom badawczym różnych specjalności. Do cenniejszych należy wspomniana kolekcja mchów T. Chałubińskiego. Historyczną wartość posiada 9 albumów, obejmujących 900 gatunków roślin naczyniowych, ofiarowanych w początkach istnienia Muzeum przez Komisję Fizjograficzną Akademii Umiejętności w Krakowie. Większość okazów do tej kolekcji zebrał zoolog Władysław Kulczyński, a także m.in. Bolesław Kotula i Antoni Rehmann. Bardzo cenna jest kolekcja porostów wybitnego lichenologa, Józefa Motyki. W zbiorach przyrodniczych Muzeum znalazły się również zielniki tworzone przez blisko związanych z tą instytucją przyrodników: Konstantego Steckiego, Irenę Domaniewską, Zofię Radwańską-Paryską, a także współczesne zielniki botaników: Haliny i Zbigniewa Mirków, Urszuli Bielczyk, Anny Ronikier oraz Adama Flakusa.

Zbiory zoologiczne pochodzą z Tatr, Skalnego Podhala, Kotliny Orawsko-Nowotarskiej oraz Pienin. Do najcenniejszych należy dziewiętnastowieczna kolekcja ornitologiczna Antoniego Kocjana, zbiór motyli większych z Tatr i Podtatrza Stanisława Batkowskiego i zbiór ważek tatrzańskich Józefa Fudakowskiego. W zbiorach znajduje się również 7 tysięcy kości niedźwiedzia jaskiniowego, głównie z Jaskini Magury w Tatrach.

Zbiory geologiczne to prawie 2 800 okazów typowych skał, minerałów i skamieniałości z całego obszaru Tatr i Podtatrza. Kolekcje geologiczne Muzeum posiadają dużą wartość naukową i w znacznej mierze są eksponowane na stałej wystawie. Stanowią przeważnie dokumentację prac wybitnych geologów, zajmujących się problematyką tatrzańską - tych dawnych i tych współczesnych, między innymi: Józefa Morozewicza, Władysława Pawlicy, Mieczysława Limanowskiego, Zbigniewa Wójcika, Jerzego Lefelda, Andrzeja Gaździckiego. Wyróżnia się piękny zbiór skamieniałości fauny morskiej m.in. amonitów, jeżowców, małż, ślimaków, zebranych przez Edwarda Passendorfera.

Stała ekspozycja przyrodnicza w gmachu głównym Muzeum Tatrzańskiego, zmodernizowana w 2007 roku, pozwala na zapoznanie się z aktualną wiedzą o budowie geologicznej i "żywej" przyrodzie Tatr.

Dział Etnograficzny jest obok Działu Przyrodniczego najstarszym działem kolekcjonerskim Muzeum Tatrzańskiego i składa się z ponad 10 750 okazów. Pierwsze, ofiarowane przez Stanisława hr. Drohojowskiego, właściciela dóbr czorsztyńskich, trafiły do Muzeum w roku 1889, a było ich 52, w tym dziś już bezcenna kolekcja ubioru kobiecego z okolic Czorsztyna. Z latami do Muzeum Tatrzańskiego napływały kolejne eksponaty. Gromadzili je entuzjaści kultury podhalańskiej, między innymi: Róża hr. Krasińska, Maria i Bronisław Dembowscy, Zygmunt Gnatowski. Pierwsi kolekcjonerzy, a później także inni zbieracze - członkowie Sekcji Ludoznawczej Towarzystwa Tatrzańskiego, przeważnie nabywali okazy rzadkie, oznaczające się walorami artystycznymi. Chętnie kupowali zdobiony snycerką sprzęt pasterski i domowy, obrazy na szkle, elementy stroju ludowego, ceramikę. Penetrowali teren u schyłku XIX i na początku XX wieku i nabywali okazy określane już wtedy jako "bardzo stare". Kolekcje Róży hr. Krasińskiej (1896), Zygmunta Gnatowskiego (1906), Dembowskich (1922) i innych zbieraczy stopniowo trafiały do Muzeum Tatrzańskiego. W latach 1912-1914 członkowie Sekcji Ludoznawczej Towarzystwa Tatrzańskiego wzbogacili zbiory etnograficzne Muzeum wieloma cennymi nabytkami. W roku 1913 Bronisław Piłsudski przekazał 54 okazy, Józef Lesiecki zapisał Muzeum 183 zebrane przez siebie przedmioty, a Franciszek Prauss ofiarował 101 okazów. W roku 1920 Muzeum zakupiło od Konstantego Steckiego kolekcje rzemiosła artystycznego i obrazów na szkle. Dzięki nim, Muzeum posiada dziś zbiory o wielkiej wartości, bezcenne dla etnologów i badaczy sztuki ludowej Podhala.

Z chwilą upaństwowienia Muzeum w roku 1949 i zatrudnienia w nim zawodowych etnografów rozpoczęto systematyczne zakupy w terenie w celu uzupełnienia zbiorów etnograficznych. W okresie powojennym położono nacisk na zakupy współczesnego malarstwa na szkle, rzeźby ludowej oraz wyrobów rzemiosła, głównie metalowych i skórzanych, a także współczesnego stroju podhalańskiego. Ponadto prowadzono zakupy mające na celu wzbogacenie działu rolnictwa, komunikacji i transportu, a także sprzętów gospodarskich. Okazy te wprawdzie często nie mają wartości artystycznych, ale są niezbędne do zilustrowania całokształtu kultury materialnej górali.

Zwiedzającym Muzeum Tatrzańskie udostępniona jest jedynie część zbiorów etnograficznych. W gmachu głównym można je oglądać na stałej wystawie etnograficznej, przedstawiającej kulturę ludową Podhala od drugiej połowy XIX wieku do współczesności. W oddziałach terenowych, a więc w Łopusznej, Chochołowie, Jurgowie i Czarnej Górze, udostępnione są ekspozycje etnograficzne we wnętrzach chałup i zabudowań gospodarczych z drugiej połowy XIX i początku XX wieku. Eksponaty z magazynów muzealnych wielokrotnie udostępniano na wystawach w kraju i za granicą. W oparciu o zbiory etnograficzne napisano wiele prac naukowych. Niektóre z tych kolekcji były przedmiotem badań już w okresie dwudziestolecia międzywojennego. I tak, znany muzykolog Adolf Chybiński, w oparciu o eksponaty znajdujące się w Muzeum Tatrzańskim, napisał pracę o instrumentach ludowych na Podhalu. Kolekcja metalowych spinek została opracowana przez wybitnego archeologa Włodzimierza Antoniewicza. Po wojnie, dzięki kolekcji strojów, etnograf Edyta Starek mogła opracować dla Atlasu polskich strojów ludowych dwa zeszyty - Strój orawski oraz Strój spiski.

Także i dzisiaj zbiory etnograficzne są udostępniane wielu polskim i obcym badaczom. W dziale etnograficznym od lat prowadzone są prace nad strojem podhalańskim. Dawny strój podhalański, zgromadzony w Muzeum, stał się ważnym źródłem informacji dla Stanisławy Trebuni-Staszel, autorki cennego, pionierskiego opracowania Śladami podhalańskiej mody. Studium z zakresu historii stroju górali podhalańskich.

W 1997 r. została zaprezentowana na dużej wystawie w Galerii Kulczyckich w Zakopanem pełna kolekcja starego malarstwa na szkle. Wystawie towarzyszył katalog Obrazy na szkle XVIII-XIX w. w zbiorach Muzeum Tatrzańskiego im. Dra Tytusa Chałubińskiego. W roku 2004 znaczna część kolekcji dawnego i współczesnego malarstwa na szkle była prezentowana na wystawie Tatras, une légende dorée polonaise. Collection du musée de Zakopane w ramach sezonu polskiego "Nova Polska 2004" w Musée d'Aquitaine w Bordeaux.

Eksponaty w dziale etnograficznym bywają także inspiracją dla współczesnych artystów i rzemieślników. Czerpią z nich również wzory projektujący scenografię i kostiumy do licznych filmów fabularnych i dokumentalnych o tematyce tatrzańskiej.

Na zbiory Działu Sztuki, liczące około 5000 pozycji, składa się kilka interesujących kolekcji. Swoje stałe miejsce ekspozycji w willi "Koliba" ma rękodzieło artystyczne w stylu zakopiańskim a kolekcja dzieł Władysława Hasiora, prezentowana jest w galerii jego imienia. Pozostałe pokazywane są na wystawach czasowych w Galerii im. Włodzimierza i Jerzego Kulczyckich. Bez wątpienia największą z nich tworzą obrazy, grafiki i rysunki o tematyce tatrzańskiej, jaka pojawiła się w sztuce polskiej zaczynając od pierwszej połowy XIX w. Początkowo modne były nastrojowe krajobrazy oddające grozę i tajemniczość gór. W 1837 r. Jan Nepomucen Głowacki namalował Morskie Oko - pierwszy w polskim malarstwie krajobraz tatrzański, wyznaczając tym samym początek historii naszego górskiego pejzażu. W zbiorach Muzeum Tatrzańskiego znajduje się akwarelowa kopia Morskiego Oka pędzla Jana Kantego Wojnarowskiego z ok. 1860 r. Do najstarszych pejzaży tatrzańskich należą również dzieła Alfreda Schouppégo Łomnica i Dolina Strążyska. W zbiorach Działu Sztuki znajduje się spory zbiór akwarel i grafik Walerego Eljasza, popularnego malarza krakowskiego, blisko związanego z Tatrami działacza Towarzystwa Tatrzańskiego. Z późniejszych artystów należy przede wszystkim wymienić Leona Wyczółkowskiego, Aleksandra Mroczkowskiego i innych, mniej znanych, jak Stefan Filipkiewicz, Maks Haneman, Wanda Gentil Tippenhauer, Rafał Malczewski, Alfred Terlecki. W zbiorach pejzażu najliczniej (30 obrazów) reprezentowany jest zakopiański malarz Stanisław Gałek (1876-1961), uczeń Jana Stanisławskiego.

Dużą kolekcją jest również zbiór portretów, na który składają się wykonane w różnych technikach dzieła przedstawiające znanych w Zakopanem artystów, polityków, sportowców, a także typy górali. Są tu portrety patrona Muzeum, dra Tytusa Chałubińskiego, Stanisława Witkiewicza (malował go między innymi Jacek Malczewski), słynnego góralskiego gawędziarza i muzykanta Jana Krzeptowskiego Sabały, górali-przewodników, jak np. portret Wojciecha Roja pędzla Stanisława Witkiewicza oraz pastele wykonywane przez Stanisława Ignacego Witkiewicza (Witkacego) w jego sławnej "Firmie Portretowej".

Bardzo cenny dla historii Zakopanego jest zbiór 50 karykatur Kazimierza Sichulskiego, jednego z najgłośniejszych polskich karykaturzystów portretujących swoich współczesnych. Artysta, bywalec Zakopanego - choć nie dla malowania pejzaży i górali tu bywał - stworzył najsławniejszą kolekcję w czasie I wojny. Pierwsze działania wojenne sprowadziły do Zakopanego licznych uciekinierów, wśród których znalazło się wiele wybitnych osobistości. Towarzystwo złożone ze znanych aktorów, polityków, pisarzy, malarzy, muzyków spotykało się w sławnej restauracji Karpowicza na Krupówkach. Sichulski, zasobny jedynie w swój talent, płacił restauratorowi karykaturami co znamienitszych osób. Tak powstał zbiór mistrzowsko wykonanych karykatur, znakomicie charakteryzujących osoby na nich przedstawione.

Ważna i interesująca jest także kolekcja rzeźby artystów zakopiańskich - od Wojciecha Brzegi po artystów współczesnych, jak Antoni Rząsa i Grzegorz Pecuch. Wojciech Brzega i Stanisław Gąsienica Sobczak "Johym" to artyści wywodzący się z góralskich rodzin. Obaj wyszli z zakopiańskiej Szkoły Przemysłu Drzewnego i kształcili się nadal - Brzega we Lwowie, Krakowie, Monachium i Paryżu, Sobczak zaś w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, a także w Paryżu. Wojciech Brzega, artysta wszechstronny, przez wiele lat współpracował ze Stanisławem Witkiewiczem w dziele tworzenia stylu zakopiańskiego. Rzeźbiarz Sobczak był również ceramikiem. Realistyczne, wykonane ze szlachetnych materiałów rzeźby Brzegi i Sobczaka przedstawiają niezrównane typy miejscowych górali.

Sztukę współczesną reprezentują kolekcje autorskie dzieł Władysława Hasiora oraz malarstwa i grafiki Marka Żuławskiego - obie przekazane do zbiorów muzealnych w darze, podobnie jak kolekcja kobierców wschodnich, ofiarowana w 1977 r. przez Annę Piotrowicz Kulczycką.

Odrębne miejsce w Dziale Sztuki zajmują eksponaty związane z dziejami taternictwa i narciarstwa oraz Tatrzańskiego Pogotowia Ratunkowego. Muzeum od lat gromadzi historyczny już sprzęt sportowy, odznaki klubów, odznaczenia sportowe, medale oraz pamiątki po wybitnych zawodnikach. Eksponaty te prezentowane są na wystawach czasowych, poświęconych tematyce sportowej a być może kiedyś znajdą się na stałej wystawie działu turystyki, ratownictwa i sportu, który zamierzano stworzyć już w okresie międzywojennym.

Biblioteka jest działem pomocniczym Muzeum. Jej zaczątki powstały już u zarania działalności Towarzystwa Muzeum Tatrzańskiego. W pierwszym statucie z roku 1888 jako materiały wchodzące w zakres zainteresowania Muzeum wymienia się "Książki, rysunki, plany i mapy dotyczące Tatr i Podhala tatrzańskiego". W tym samym roku do biblioteki trafił dar kilkudziesięciu rzadkich dzieł o tematyce briologicznej ze zbiorów Tytusa Chałubińskiego. Cennym nabytkiem był również dar Zygmunta Gnatowskiego w postaci książek o tematyce tatrzańskiej i wycinków prasowych, dotyczących stylu zakopiańskiego. Trzon księgozbioru stanowią jednak dzieła ofiarowane Muzeum przez jego pierwszego dyrektora, Juliusza Zborowskiego. Zborowski, z zamiłowania bibliofil, był bez wątpienia właściwym twórcą biblioteki. On określił jej profil i przez cały okres kierowania placówką konsekwentnie powiększał zbiory. Ułatwiały gromadzenie jego szerokie kontakty towarzyskie i naukowe ze światem uczonych. Uczeni nie tylko ofiarowywali swoje prace do biblioteki, ale też wielu z nich wyszukiwało w antykwariatach dzieła mogące wzbogacić zbiory J. Zborowskiego. W okresie międzywojennym dyrektor Muzeum drogą zakupów, darów i wymiany zgromadził sporą bibliotekę, w której m.in. znalazły się najstarsze dzieła o Tatrach, czasopisma ukazujące się na terenie Podhala, Spisza i Orawy. Wiele dzieł posiada cenne dedykacje oraz artystyczne oprawy wykonane przez Kazimierza Brzozowskiego.

Biblioteka Muzeum Tatrzańskiego gromadzi druki, materiały ikonograficzne oraz dokumentację w zakresie określonym zadaniami Muzeum oraz potrzebami pracy naukowo-dokumentacyjnej, wydawniczej i oświatowej tejże instytucji. Księgozbiór obejmuje piśmiennictwo poświęcone Tatrom, Podhalu, Spiszowi, Orawie, etnografii całej Polski, muzealnictwu oraz dzieła ogólne. Na zbiory biblioteki składają się: księgozbiór (druki zwarte - ponad 27 000 pozycji inwentarzowych i druki ciągłe - ponad 2 tys. tytułów) oraz zbiory specjalne (mapy; muzykalia - płyty, nuty; archiwum fotograficzne - pozytywy, negatywy, przeźrocza; ryciny; drukowane materiały ikonograficzne; dokumentacja techniczna; dokumenty życia społecznego; wycinki prasowe).

Duże archiwum fotograficzne, składające się z kilkudziesięciu tysięcy jednostek (pozytywów, negatywów), jest bogatym źródłem ikonografii do historii Zakopanego, Podhala, Spisza i Orawy oraz dziejów fotografii tatrzańskiej. W latach pięćdziesiątych ubiegłego wieku, wybitny fotografik Jan Sunderland w oparciu o archiwum fotograficzne Muzeum napisał pionierską pracę o dziejach fotografii tatrzańskiej. W archiwum znajduje się cenna fotografia przedstawiająca najstarszy widok Zakopanego - Nawsie, Miletiusa Dutkiewicza, datowana na 1860 r., a także fotografie Tatr wybitnych fotografów krakowskich jak: Walery Rzewuski, Awit Szubert czy Stanisław Bizański. Juliusz Zborowski nie tylko gromadził i uzupełniał zbiory fotograficzne, ale interesował się również współczesną fotografią artystyczną. W latach 1926 i 1939 zorganizował w Muzeum wystawy fotografii artystycznej, poświęconej Tatrom i Podhalu. Brali w nich udział wybitni fotograficy polscy, często członkowie elitarnego Fotoklubu Polskiego: Tadeusz Cyprian, Edward Czerny, Stefan Maksymowicz-Raczyński, Jan Sunderland, a z Zakopanego Antoni Marian Wieczorek i Henryk Schabenbeck. Przez wiele lat zbiory fotograficzne wzbogacali darami: Stanisław Barabasz, Witold Henryk Paryski, Jan Reychman, Tadeusz i Stefan Zwolińscy. W latach 60. Muzeum zakupiło pozytywy i negatywy Teofila Studnickiego i Zygmunta Sułkowskiego, właścicieli znanych w Zakopanem zakładów fotograficznych. Cennym nabytkiem dla archiwum był zespół klisz szklanych Stanisława Ignacego Witkiewicza. W latach 80. zakupiono archiwum klisz szklanych Tadeusza i Stefana Zwolińskich, a później trafiły do zbiorów muzealnych duże archiwa wybitnych fotografów, współpracujących z Muzeum przez wiele lat: Władysława Wernera i Zbigniewa Kamykowskiego.

Od roku 1998 Biblioteka Muzeum Tatrzańskiego znajduje się w wykazie bibliotek tworzących Narodowy Zasób Biblioteczny. Obecnie zbiory tego działu stale się powiększają drogą zakupów, darów i wymiany wydawnictw z innymi placówkami. Biblioteka Muzeum Tatrzańskiego zajmuje się również przygotowaniem i redakcją wydawnictw muzealnych, w tym kolejnych tomów "Rocznika Podhalańskiego".

Gromadzenie archiwaliów w naszej placówce, rozpoczęło się już 120 lat temu, tj. od początku istnienia Muzeum Tatrzańskiego. W pierwszej kolejności były to akta Towarzystwa Muzeum Tatrzańskiego oraz dokumentacja własna. Bardziej konsekwentne kształtowanie zbiorów archiwalnych zaczęło się jednak dopiero od 1922 r., z chwilą podjęcia pracy w Muzeum przez Juliusza Zborowskiego, który zaczął już systematycznie pozyskiwać materiały ludoznawcze, językoznawcze i historyczne, dotyczące przede wszystkim problematyki tatrzańskiej, podhalańskiej, spiskiej i orawskiej.

Aktualnie przechowywany w Muzeum Tatrzańskim zasób archiwalny liczy ok. 3 i pół tysiąca jednostek archiwalnych, pochodzących z XVII-XX w. Spośród kolekcji i zespołów archiwalnych wymienić przede wszystkim należy dokumenty pergaminowe: przywileje królewskie dla sołtysów Dzielskch, Nowobilskich i Chochołowskich, z lat 1628-1766 oraz dyplom nobilitacyjny cesarza Leopolda I (z 1674 r.) dla rodziny Moniaków z Zubrzycy Górnej. Ważne miejsce w archiwum zajmują akta działających w Zakopanem od drugiej połowy XIX wieku towarzystw, instytucji takich jak: Polskie Towarzystwo Tatrzańskie (1873-1930) i jego Sekcja Ludoznawcza (1913-1918), Komitet Budowy Pomnika Tytusa Chałubińskiego (1900-1904), zakopiańskie Towarzystwo Szkoły Ludowej (1909-1932), Szkoła Przemysłu Drzewnego (1881-1946), Podhalańskie Towarzystwo Opieki nad Zabytkami PTTK (1951-1980).

W archiwum znalazły się również materiały dotyczące historii zakopiańskiej prasy. Są to papiery redakcyjne podhalańskich pism: „Przeglądu Zakopiańskiego” (1899-1906), „Zakopanego” (1908-1914), „Echa Tatrzańskiego” (1918-1919), „Gazety Podhalańskiej” (1913-1934), „Gazety Zakopiańskiej” (1893) oraz „Zakopiańskiej Sp. Wydawniczej” (1913-1914). Osobną kategorię zbiorów reprezentują archiwa rodzin związanych różnorodną działalnością z Zakopanem, Spiszem czy Orawą. W tym miejscu trzeba wymienić rodziny: Homolacsów z Zakopanego (1813-1909), Machayów (1930-1962), Moniaków z Zubrzycy Górnej (XVII-XVIII w.), Uznańskich z Szaflar (1827-1939), Wilczków i Divékych z Podwilka (XVII-XX w.), Witkiewiczów (XIX-XX w.). Podhale, a szczególnie Zakopane, były przez wiele lat terenem aktywności wielu, często wybitnych osobistości, które działały na różnych polach; kultury, polityki, gospodarki i przyczyniły się walnie do rozwoju miasta i regionu. W archiwum Muzeum Tatrzańskiego przechowywane są spuścizny: Stanisława Barabasza (1857-1949), Wojciecha Brzegi (1872-1941), Jana Bednarskiego (1866-1926), Marii i Bronisława Dembowskich (1888-1912), Józefa Diehla (1882-1955), Bronisławy i Kazimierza Dłuskich (1900-1922), Stanisława Eljasza-Radzikowskigo (1869-1935), Anieli Gut-Stapińskiej (1898-1954), Matyldy Jostowej (1882-1977), Kornela Makuszyńskiego (1884-1953), Olgi Małkowskiej (1888-1979), Franciszka Henryka Nowickigo (1864-1935), Jana Plucińskiego (1897-1982), Heleny Roj-Kozłowskiej (1900-1955), Kazimierza Saysse-Tobczyka (1891-1980), Mariusza Zaruskiego (1867-1941) i Juliusza Zborowskiego (1888-1965).

Ze zbiorów archiwalnych można korzystać od wtorku do piątku, w godz. 8.00 - 15.00.